A Secretaria de Agricultura foi criada em 1891 para atender as exigências de atuação do estado, provenientes, sobretudo, da cultura cafeeira e das atividades econômicas atreladas a ela. Sua atuação abrangia a agricultura, a pecuária, o comércio, as obras públicas, os transportes, as comunicações, as atividades industriais, a imigração e a política de terras. Entre as reorganizações estruturais sofridas pela Secretaria, destaca-se a reforma empreendida e consolidada em 1907 pelo então secretário Carlos Botelho, com o objetivo de estabelecer uma administração moderna e eficiente, capaz de
solucionar os problemas que o estado enfrentava, como a superprodução de café e a imigração.